Hội nghị Bộ trưởng lần đầu tiên được tổ chức ngày 23/7/2009 tại Thái Lan đánh dấu sự hình thành của cơ chế hợp tác Hạ nguồn Mê Công- Mỹ. Hội nghị Bộ trưởng các nước Hạ nguồn Mê Công - Mỹ lần này tập trung chủ yếu vào việc rà soát các hoạt động hợp tác được triển khai kể từ sau Hội nghị Bộ trưởng lần thứ nhất đồng thời thúc đẩy việc hợp tác giữa các nước Hạ nguồn Mê Công với Mỹ tập trung vào bốn lĩnh vực chính là bảo vệ môi trường, y tế, giáo dục và phát triển hạ tầng cơ sở. Các Bộ trưởng cũng thảo luận việc xây dựng cơ chế điều phối để hợp tác giữa các bên được triển khai nhanh và hiệu quả hơn.

    Các Bộ trưởng ghi nhận hợp tác bước đầu trong lĩnh vực y tế, môi trường và giáo dục đào tạo, đồng thời khẳng định mong muốn triển khai hợp tác trong lĩnh vực còn lại là phát triển hạ tầng cơ sở. Các Bộ trưởng đánh giá cao kết quả của “Hội nghị Sáng kiến Hạ nguồn Mê Công, Hợp tác xuyên quốc gia Ứng phó các Mối đe dọa từ Bệnh Truyền nhiễm” tổ chức tại Hà Nội và việc triển khai bước đầu chương trình " Dự báo Mê Công". Tại Hội nghị lần này Ngoại trưởng Mỹ  Hillary Clinton đã công bố về chương trình hợp tác phòng chống bệnh truyền nhiễm và chương trình phát triển kế hoạch hợp tác nhằm ứng phó với các ảnh hưởng của biến đổi khí hậu.

    Các Bộ trưởng cũng nhất trí việc xây dựng cơ chế phối hợp, tổ chức các cuộc họp quan chức cấp cao (SOM) theo cơ chế thường xuyên và đồng ý tổ chức Hội nghị Bộ trưởng Hạ nguồn Mê Công-Mỹ lần ba vào năm 2011.

Kết thúc Hội nghị, các Bộ trưởng đã nhất trí thông qua Tuyên bố chung khẳng định quyết tâm tăng cường hợp tác, hướng tới phát triển bền vững.
Nhân dịp này, các Bộ trưởng đã chứng kiến lễ ký chính thức Biên bản ghi nhớ về Hợp tác giữa hai Uỷ hội sông Mê Công – Missisippi, khẳng định quyết tâm tăng cường hợp tác giữa hai Uỷ hội.