Sau khi Liên Xô sụp đổ, quan hệ giữa Việt Nam – Nga đã có thay đổi về chất. Hiệp ước về những nguyên tắc cơ bản của quan hệ hữu nghị giữa CHXHCN Việt Nam và Liên bang Nga ký kết ngày 14/6/1994 đã đặt nền móng cho quan hệ Việt - Nga trong giai đoạn mới.
Từ năm 1997, hai nước thường xuyên trao đổi các đoàn cấp cao. Khuôn khổ quan hệ Việt - Nga trong thế kỷ XXI được xác lập và chính thức hóa bằng việc ký Tuyên bố chung về quan hệ đối tác chiến lược nhân chuyến thăm Việt Nam của Tổng thống Nga Pu-tin (28/02-02/03/2001).
Hợp tác kinh tế-thương mại và văn hóa-giáo dục giữa hai nước đã có những bước phát triển đáng kể. Nga hiện là một trong những nước có đầu tư đáng kể vào Việt Nam, trong đó lĩnh vực có nhiều vốn đầu tư nhất là dầu khí, xây dựng và thủy sản. Về thương mại, hai nước còn rất nhiều tiềm năng để phát triển. Việt Nam hiện xuất chủ yếu là gạo, cao su, chè, hàng dệt may, giầy dép, rau quả, mì ăn liền và nhập sắt thép, phân bón, xăng dầu, máy thiết bị, ô tô... Thăm dò, khai thác và chế biến dầu khí là những lĩnh vực hợp tác truyền thống và có hiệu quả cao. Quan hệ hợp tác trong lĩnh vực giáo dục-đào tạo được nối lại vào năm 1995 bằng việc ký Hiệp định hợp tác giữa Bộ Giáo dục Đào tạo Việt Nam và Bộ Giáo dục Liên bang Nga. Hai nước cũng duy trì tốt việc giao lưu văn hóa giữa hai nước, hai dân tộc.